Sr Editor. El comentario basa sus observaciones en la Figura 3, la cual ha sido generada con el programa FastTree 2, y luego editada en FigTree. El programa FastTree 1 utiliza NNIs (del inglés, nearest-neighbor interchanges) y el criterio minimum-evolution para mejorar el árbol. El FastTree 2 ⁽¹1. Price MN, Dehal PS, Arkin AP. FastTree 2 - approximately maximum-likelihood trees for large alignments. PLoS ONE. 2000;5(3):e9490. doi:10.1371/journal.pone.0009490
https://doi.org/10.1371/journal.pone.000... tiene dos características adicionales, la primera el minimum-evolution subtree- pruning-regrafting (SPRs), un método de búsqueda basado en maximum likelihood; y la segunda, el maximum-likelihood para NNI. FastTree2 utiliza la heurística para restringir la búsqueda de mejores árboles y estima una tasa de evolución para cada sitio (la aproximación "CAT", un modelo filogenético de heterogeneidad de tasa). Sin embargo, para ambos alineamientos simulados y genuinos, FastTree 2 es ligeramente más preciso que una implementación estándar de NNIs por maximum-likelihood (PhyML, con la configuración predeterminada). Finalmente, FastTree permite una inferencia de filogenias de maximum- likelihood para grandes alineamientos como los genomas realizados en la publicación.

El programa FastTree 2 tiene más de 800 citaciones que incluyen revistas de alto factor de impacto según la base de datos del Instituto Nacional de Salud de EE. UU. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). La generación de filogenias derivadas con nuevos programas como FastTree está logrando superar las limitaciones en el procesamiento de datos de gran magnitud - decenas de genomas. Las herramientas bioinformáticas para filogenias como FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/), convierten las filogenias de datos crudos a filogenias visualmente amigables.

La cepa F11 de M. tuberculosis señalada en el comentario al editor no procede de Uruguay, sino de un aislado sudafricano. La cepa C7R1 que menciona en el comentario no existe en nuestro reporte. En la publicación no se presentó el estudio de divergencia genética; en este estudio tenemos un limitado número de cepas para ese análisis, por lo que no aplica la observación hecha.

Respecto a la gráfica de filogenia, se cometió un error en la edición final en cuanto a la eliminación de los números, pues es un gráfico de apoyo con la finalidad de mostrar la organización de las familias de M. tuberculosis. Nuestro reporte sigue la estrategia de usar como referente a M. tuberculosis H37Rv, por lo que no se observará generalidades encontradas en las topologías. La estrategia de análisis por filogenias de M. tuberculosis no es nueva ²2. Tarazona D, Galarza M, Lévano KS, Guio H. Análisis genómico comparativo de cepas peruanas de Mycobacterium tuberculosis. Rev Peru Med Exp Salud Pública 2016;33(2):256-63. doi: 10.17843/rpmesp.2016.332.2192
https://doi.org/10.17843/rpmesp.2016.332... , similares estudios de reciente publicación tienen estrategias similares ³3. Casali N, Nikolayevskyy V, Balabanova Y, Harris SR, Ignatyeva O, Kontsevaya I, et al. Evolution and transmission of drug- resistant tuberculosis in a Russian population. Nat Genet. 2014;46(3):279-86. doi: 10.1038/ng.2878
https://doi.org/10.1038/ng.2878... quienes incluyen una aproximación de maximium- likelihood y usar referente a H37Rv. El fin de la filogenia fue para incluir las cepas INS-SEN, INS-MDR y INS-XDR junto a otros genomas reportados. El soporte en las conclusiones se encuentra en relación a la comparación genómica señalada en la publicación y no en la filogenia

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

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