Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, Volume: 39, Issue: 3, Published: 2022
  • IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda variant antigens in BBIBP-CORV vaccinated health care workers Artículo Original

    García-Mendoza, María; Merino-Sarmiento, Nancy; De Lucio-Burga, Gabriel; Fernández-Navarro, Manuel G.; Pampa-Espinoza, Luis; Solis-Sánchez, Gilmer; Huaringa-Núñez, Maribel; Palomino-Rodríguez, Miryam; Ríos-Monteza, Pamela; Solari, Lely

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Evaluar la respuesta de anticuerpos IgG determinada mediante ELISA utilizando antígenos de los linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de la salud con y sin antecedente de infección por SARS-CoV-2 previa a la inmunización con la primera y segunda dosis de la vacuna Sinopharm (BBIBP-CorV). Materiales y métodos. Se realizó un estudio analítico en trabajadores de salud mayores de 18 años. Se incluyeron 51 participantes con antecedente y 100 participantes sin antecedente de infección por SARS-CoV-2, quienes recibieron dos dosis de la vacuna Sinopharm. Los anticuerpos IgG se evaluaron 21 días después de la primera dosis, 21 días después de la segunda dosis y 3 meses después de la segunda dosis mediante una prueba de ELISA in house desarrollado utilizando el antígeno completo del linaje Wuhan (B) y del linaje Lambda(C.37) del virus de SARS-CoV-2. Resultados. En ambos grupos se observó un incremento del porcentaje de personas con anticuerpos luego de la segunda dosis, sin embargo, este porcentaje disminuyó luego de 3 meses de la segunda dosis. Se halló una diferencia significativa entre el índice de anticuerpos medido por ELISA con el antígeno del linaje Wuhan versus el ELISA con el linaje Lambda (p<0,001). Conclusiones. Existe un aumento significativo de la presencia de anticuerpos tipo IgG luego de 15 días de la segunda dosis de la vacunación con BBIP-CORV en los participantes sin infección previa y una disminución, luego de 3 meses de la segunda dosis, de la razón de índices de reactividad de anticuerpos IgG en los ELISA desarrollados con el antígeno de la variante como en los ELISA desarrollados con la variante Lambda.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objectives . To evaluate the IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda antigens in health care workers with and without history of SARS-CoV-2 infection prior to immunization with the first and second doses of Sinopharm vaccine (BBIBP-CorV). Materials and methods . An analytical study was carried out in health care workers over 18 years of age. Fifty-one participants with history and 100 participants without history of SARS-CoV-2 infection, who received two doses of Sinopharm vaccine, were included. IgG antibodies were assessed 21 days after the first dose, 21 days after the second dose and 3 months after the second dose by in-house ELISA using the complete antigen of the Wuhan variant (B.1.1) and lambda variant (C-37) of SARS-CoV-2 virus. Results . Both groups showed a large increase in the percentage of people with antibodies after the second dose, however, this percentage decreased 3 months after the second dose. The difference between the antibody index measured by ELISA with Wuhan variant antigen versus the ELISA with lambda variant was significant (p<0.001). Conclusions . There is a significant increase in the presence of IgG type antibodies after 15 days of the second dose of BBIBP-CorV vaccination in participants without previous infection and a decrease after 3 months of the second dose in the ratio of IgG antibody reactivity indexes in ELISAs with the variant antigen as with ELISAs with the lambda variant.
  • Experimental brain infection with cysticercosis in sheep Artículo Original

    Sota, Katherine A.; Bustos, Javier A.; Verastegui, Manuela R.; Toribio, Luz; Chile, Nancy; Angulo, Noelia; Cangalaya, Carla; Calcina, Juan; González, Armando E.; Gilman, Robert H.; García, Héctor H.

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivo . Explorar la viabilidad de desarrollar un modelo de neurocisticercosis (NCC) de oveja mediante infección intracraneal de oncosferas de T. solium. Materiales y métodos. Se realizó un modelo de infección experimental de NCC en ovejas. Se inocularon aproximadamente 10 posoncósferas de T. solium cultivadas previamente por 30 días por vía intracraneal en diez ovejas. Las oncósferas, en 0,1 mL de solución salina fisiológica, se inyectaron en el lóbulo parietal a través de una aguja de calibre 18. Resultados. Después de tres meses, en dos ovejas se encontraron granulomas y en una tercera identificó un quiste de 5 mm de diámetro en el ventrículo lateral derecho y la evaluación histológica confirmó que el quiste corresponde a una larva de T. solium. También se utilizó inmunohistoquímica con anticuerpos monoclonales dirigidos contra componentes de membrana y antígenos excretorios/secretorios del quiste de T. solium para confirmar la etiología de los granulomas encontrados. Uno de ellos mostro reactividad ante los anticuerpos monoclonales utilizados, confirmando así que se trató de un cisticerco. Conclusión. Este experimento es la prueba de concepto de que es posible infectar ovejas con cisticercosis por inoculación intracraneal.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objective. To explore the feasibility of developing a sheep model of neurocysticercosis (NCC) by intracranial infection with T. solium oncospheres. Materials and methods. We carried out an experimental infection model of NCC in sheep. Approximately 10 T. solium oncospheres previously cultured for 30 days were inoculated intracranially into ten sheep. The oncospheres, in 0.1 mL of physiological saline, were injected into the parietal lobe through an 18-gauge needle. Results. After three months, granulomas were found in two sheep. In a third sheep we identified a 5 mm diameter cyst in the right lateral ventricle and histological evaluation confirmed that the cyst corresponded to a T. solium larva. Immunohistochemistry with monoclonal antibodies directed against membrane components and excretory/secretory antigens of the T. solium cyst was also used to confirm the etiology of the found granulomas. One of them showed reactivity to the monoclonal antibodies used, thus confirming that it was a cysticercus. Conclusion. This experiment is the proof of concept that it is possible to infect sheep with cysticercosis by intracranial inoculation.
  • Changes in clinical characteristics and outcomes of patients hospitalized with COVID-19 during two years of the pandemic: experience in a venezuelan hospital Artículo Original

    Arvelo, María C.; Montes de Oca, María; Sánchez-Traslaviña, Laura; Pujol, Flor H.; Jaspe, Rossana C.; Silva, Isabel C.; Stulin, Irene; Blanco, Gabriela; Quevedo, Jennireth; Valera, Nathalia; Papa, Irene; Bacci, Santiago; de Abreu, Fátima; Villarroel, Héctor; Catari, Juan C.; Lopez, José L.; Moran, Brigitte; Cárdenas, Claudio; Santucci, Saverio; Viloria, José L.; García, Eleonora; Gómez, Jerry; Martinelli, Antonio; Guzmán, Manuel

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Determinar los cambios en las características clínicas y desenlaces intrahospitalarios de los pacientes hospitalizados por COVID-19 en un hospital privado de Caracas durante dos años de pandemia. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo, observacional, de pacientes hospitalizados por COVID-19. Se investigó la correspondencia entre las olas de ingresos hospitalarios con las variantes circulantes del SARS-CoV-2 en la población general del Distrito Capital y estado Miranda. Resultados. Se incluyeron 1025 pacientes (569 hombres y 456 mujeres), con edad promedio de 62,9 DE: 16,2 años. Cuatro olas de ingresos hospitalarios fueron identificadas: primera (marzo-noviembre 2020) 150/1025 (14,6%) casos; segunda (diciembre-2020 a mayo-2021) 415/1025 (40,5%) casos; tercera (junio-diciembre 2021) 344/1025 (33,6%) casos; cuarta (enero-febrero 2022) 116/1025 (11,3%) casos. La edad promedio fue mayor en la cuarta ola (primera 64,0±15,7, segunda 61,4±15,8, tercera 62,1±16,5, y cuarta ola 68,5±16,4), mientras que la proporción de pacientes masculinos (primera 66,7%, segunda 58,8%, tercera 50,3%, y cuarta 44,8%), los pacientes con enfermedad grave-crítica (primera 65,3%, segunda 57%, tercera 51,7% y cuarta 44,8%), la estadía intrahospitalaria (primera 9,1±6,0, segunda 9,0±7,3, tercera 8,8±7,7, y cuarta 6,9±5,0 días), los ingresos a la UCI (primera 23,3%, segunda 15,7%, tercera 14,0%, y cuarta 11,2%; p=0,027) y la mortalidad (primera 21.8%, segunda 10,7%, tercera 9,1%, y cuarta 7,1%; p<0,001) disminuyeron progresivamente con el tiempo. Conclusiones. Los resultados muestran menor frecuencia de casos severos y mejoría de los desenlaces intrahospitalarios en dos años de pandemia. Es probable que los cambios en las variantes circulantes, las mejoras del manejo de la enfermedad y la vacunación hayan influido sobre estos resultados.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objectives. To determine changes in the clinical characteristics and in-hospital outcomes of patients hospitalized for COVID-19 in a private hospital in Caracas during two years of the pandemic. Materials and Methods. Retrospective, observational study of patients hospitalized for COVID-19. We evaluated the correspondence between waves of hospital admissions and circulating variants of SARS-CoV-2 in the general population of the Capital District and Miranda state. Results. A total of 1025 patients (569 men and 456 women) were included, with a mean age of 62.9 SD: 16.2 years. Four waves of hospital admissions were identified: first (March-November 2020) 150/1025 (14.6%) cases; second (December 2020 to May 2021) 415/1025 (40.5%) cases; third (June-December 2021) 344/1025 (33.6%) cases; fourth (January-February 2022) 116/1025 (11.3%) cases. The mean age was higher in the fourth wave (first: 64.0±15.7, second: 61.4±15.8, third: 62.1±16.5, and fourth wave: 68.5±16.4), while the proportion of male patients (first: 66.7%, second: 58.8%, third: 50.3%, and fourth wave: 44.8%), patients with severe-critical illness (first: 65.3%, second: 57%, third: 51.7%, and fourth wave: 44.8%), in-hospital stay (first: 9.1±6.0, second: 9.0±7.3, third: 8.8±7.7, and fourth wave: 6.9±5.0 days), ICU admissions (first: 23.3%, second: 15.7%, third: 14.0%, and fourth wave: 11.2%; p=0.027) and mortality (first: 21. 8%, second: 10.7%, third: 9.1%, and fourth wave: 7.1%; p<0.001) progressively decreased over time. Conclusions. The results show lower frequency of severe cases and improvement of in-hospital outcomes in two years of the pandemic. Changes in circulating variants, improvements in disease management and vaccination are likely to have influenced these results.
  • Hematological profiles of malaria-infected patients in an endemic area of Peru Artículo Original

    Pinedo-Cancino, Viviana; Arista, Katty M.; Valle-Campos, Andree; Saavedra-Langer, Rafael; Roca, Cristian; Ramos-Rincón, José-Manuel; Calderón, Maritza; Branch, Oralee H.

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Evaluar la variación de los perfiles hematológicos antes, durante y después del tratamiento de pacientes infectados con malaria no complicada por Plasmodium vivax (Pv) y P. falciparum (Pf) en una población de la región Loreto. Materiales y métodos. El estudio se realizó entre 2010 y 2012, en Zungarococha (Iquitos). Los 425 participantes tuvieron tres visitas (visita 1-día 0-antes del tratamiento, visita 2-día 7-durante tratamiento, visita 3-día 28-después del tratamiento), hemograma completo, diagnóstico microscópico y molecular (PCR). Resultados. En la primera visita, se encontraron 93 (21,9%) positivos a Pv y 34 (8,0%) a Pf. Todos los positivos mostraron una reducción en los indicadores hematológicos de hematocrito, recuento de glóbulos blancos (RGB), neutrófilos abastonados y segmentados, eosinófilos y plaquetas (p<0.001) en comparación con el grupo negativo. Se encontró un porcentaje mayor de neutrófilos abastonados en Pf y de neutrófilos segmentados en Pv comparado al grupo negativo. Se observó variaciones en los perfiles hematológicos después del tratamiento para ambas especies, los neutrófilos abastonados disminuyeron, las plaquetas aumentaron, los eosinófilos se incrementaron al día 7 y decaen el día 28, el hematocrito y los neutrófilos segmentados disminuyeron al día 7 y se normalizaron el día 28. Las diferencias entre especies en el tiempo mostraron una disminución diaria de neutrófilos abastonados en infectados con Pv que en Pf. Conclusiones. El perfil hematológico en pacientes positivos a malaria no complicada varía en el tiempo durante y después del tratamiento. Estos son indicadores de la progresión de la enfermedad y ayudan en la vigilancia terapéutica de pacientes infectados con Plasmodium.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objectives. To evaluate the variation of hematological profiles of patients infected with uncomplicated Plasmodium vivax (Pv) and P. falciparum (Pf) malaria before, during and after treatment in a population of the Loreto region. Materials and methods. This study was conducted between 2010 and 2012, in Zungarococha (Iquitos). The 425 participants had three visits (visit 1-day 0-before treatment, visit 2-day 7-during treatment, visit 3-day 28-after treatment), complete blood count, microscopic and molecular diagnosis (PCR). Results. At the first visit, 93 (21.9%) participants were found positive for Pv and 34 (8.0%) for Pf. All positives showed a reduction in hematocrit, white blood cell count (WBC), ablated and segmented neutrophils, eosinophils and platelets (p<0.001) compared to the negative group. A higher percentage of ablated neutrophils was found in Pf and segmented neutrophils in Pv compared to the negative group. Variations in hematological profiles were observed after treatment for both species; ablated neutrophils decreased, platelets increased, eosinophils increased at day 7 and declined at day 28, hematocrit and segmented neutrophils decreased at day 7 and normalized at day 28. Interspecies differences over time showed a bigger daily decrease in ablated neutrophils in Pv-infected when compared to Pf. Conclusions. The hematological profile in uncomplicated malaria-positive patients varies over time during and after treatment. These are indicators of disease progression and help in the therapeutic surveillance of Plasmodium-infected patients.
  • Perceptions of acceptance and reluctance to COVID-19 vaccination in Peru Artículo Original

    Tenorio-Mucha, Janeth; Portocarrero, Jill; Busta-Flores, Patricia; Pesantes, M. Amalia; Lazo-Porras, María

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Explorar los factores que predisponen la aceptabilidad o reticencia a la vacunación contra la COVID-19 utilizando métodos cualitativos. Materiales y métodos. Estudio cualitativo descriptivo realizado entre abril y junio del 2021. Se utilizó una guía de entrevista semiestructurada que exploró las percepciones de los participantes de diferentes regiones del Perú con relación a la aplicación de la vacuna para la COVID-19, tomando como marco teórico el modelo de creencias en salud, cuyas dimensiones son: susceptibilidad, severidad, beneficios, barreras y estímulos asociados para ejecutar la acción. Resultados. Se entrevistó a treinta personas, en su mayoría mujeres. Para los participantes la eficacia de las vacunas se relaciona con el país de procedencia, además, consideran que es importante conocer los efectos a largo plazo en la salud luego de la aplicación de la vacuna. La información recibida por las autoridades gubernamentales y sanitarias puede ser un factor decisivo para la aplicación de la vacuna. Las personas con la intención de no vacunarse sienten que las estrategias de promoción de la vacunación vulneran sus derechos humanos. Conclusiones. Existe un grupo de personas indecisas o inseguras de recibir las vacunas contra la COVID-19 en quienes es necesario fomentar estímulos de acuerdo con sus preocupaciones y necesidades. Las autoridades gubernamentales y sanitarias deben trabajar conjuntamente para mejorar la confianza de la población y brindar mensajes que despejen las principales dudas sobre la eficacia y las reacciones adversas de las vacunas.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objectives. To explore factors that influence the acceptance or reluctance to COVID-19 vaccination using qualitative methods. Materials and methods. Descriptive qualitative study conducted between April and June 2021. A semi-structured interview guide was used to explore the perceptions of participants from different regions of Peru regarding COVID-19 vaccination. The Health Belief Model was used as theoretical framework and its dimensions are: susceptibility, severity, benefits, barriers, and cues to action. Results. We interviewed 30 people, mostly were women. For the participants, the efficacy of vaccines is related to the country of origin of the vaccines; in addition, they consider that it is important to know the long-term effects on health after vaccination. The information received by governmental and health authorities can be a decisive factor for vaccination. People with the intention of not being vaccinated feel that vaccination promotion strategies violate their human rights. Conclusions. There is a group of people undecided or unsure about receiving COVID-19 vaccines who need to be encouraged according to their concerns and needs. Governmental and health authorities should work together to improve the confidence of the population and provide messages to clarify doubts about the efficacy and adverse reactions of vaccines.
  • Preliminary phytochemical analysis and in vitro antifungal activity of the ethanolic extract of the leaves of Solanum hispidum pers. collected in the locality in Obraje - Peru Artículo Original

    Mendoza-León, Jannelle Cyndi; Fuertes Ruitón, César Máximo; Jahuira-Arias, Martha Helena

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivo . Analizar y determinar la actividad antifúngica in vitro del extracto etanólico de las hojas de Solanum hispidum Pers. Materiales y métodos . Se realizó el análisis fitoquímico preliminar cualitativo mediante reacciones de color y precipitación. Se investigó la actividad antifúngica in vitro frente a Candida albicans, Aspergillus brasilensis y Trichophyton mentagrophytes usando el método de difusión en pozo de agar y el ensayo de la concentración mínima inhibitoria (CMI). Resultados . El análisis fitoquímico preliminar cualitativo mostró la presencia de compuestos fenólicos, taninos, flavonoides, esteroides, alcaloides y saponinas. La actividad antifúngica in vitro fue demostrada para todos cultivos fúngicos con halos de inhibición entre 23 a 26 mm. Los valores de la CMI fueron de 125, 250 y 125 µg/mL para C. albicans, A. brasilensis y T. mentagrophytes, respectivamente. Conclusiones. El extracto etanólico de las hojas de Solanum hispidum Pers contiene importantes metabolitos secundarios y tiene moderada actividad antifúngica.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objective. To analyze and determine the in vitro antifungical activity of the ethanolic extract of the leaves of Solanum hispidum Pers. Materials and methods. We carried out a preliminary qualitative phytochemical analysis by color and precipitation reactions. We evaluated the in vitro antifungical activity against Candida albicans, Aspergillus brasilensis and Trichophyton mentagrophytes by using the agar well diffusion method and the minimum inhibitory concentration (MIC) assay. Results. Preliminary qualitative phytochemical analysis showed the presence of phenolic compounds, tannins, flavonoids, steroids, alkaloids and saponins. In vitro antifungal activity was demonstrated for all fungal cultures with inhibition halos between 23 to 26 mm. The MIC values were 125, 250, and 125 μg/mL for C. albicans, A. brasilensis, and T. mentagrophytes, respectively. Conclusions. The ethanolic extract of the leaves of Solanum hispidum Pers. contains important secondary metabolites and has moderate antifungical activity.
  • Systematic review of the diagnostic accuracy of thick smear compared to polymerase chain reaction for pregnancy-associated malaria, 2010-2022 Artículo Original

    Gómez-Hoyos, Roxana; Cardona-Arias, Jaiberth Antonio; Higuita Gutiérrez, Luis Felipe; Salas-Zapata, Walter; Carmona-Fonseca, Jaime

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Evaluar la exactitud de gota gruesa (GG) frente a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa para la malaria asociada al embarazo (MAE). Materiales y métodos. Se realizó una revisión sistemática de pruebas diagnósticas en nueve bases de datos. Se evaluó la calidad metodológica con QUADAS. Se estimó sensibilidad, especificidad, cociente de probabilidad positivo (CPP) y negativo (CPN), razón de odds diagnóstica (ORD) y área bajo la curva ROC. Se determinó la heterogeneidad con el estadístico Q de Der Simonian-Laird y la incertidumbre con el porcentaje de peso de cada estudio sobre el resultado global. Resultados. Se incluyeron diez estudios con 5691 gestantes, 1415 placentas y 84 neonatos. En los estudios con nPCR (PCR anidada) y qPCR (PCR cuantitativa) como estándar, los resultados de exactitud diagnóstica fueron estadísticamente similares, con sensibilidad muy baja (50 y 54%, respectivamente), alta especificidad (99% en ambos casos), alto CPP y deficiente CPN. Usando nPCR la OR diagnóstica fue 162 (IC95%=66-401) y el área bajo la curva ROC fue 95%, mientras que con qPCR fueron 231 (IC95%=27-1951) y 78%, respectivamente. Conclusiones. Mediante un protocolo exhaustivo se demostró el bajo desarrollo de investigaciones sobre la exactitud diagnóstica de la GG en MAE. Se demostró que la microscopía tiene un desempeño deficiente para el diagnóstico de infecciones asintomáticas o de baja parasitemia, lo que afianza la importancia de implementar otro tipo de técnicas en el seguimiento y control de las infecciones por malaria en las gestantes, con el fin de lograr el control y posible eliminación de la MAE.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objective. To evaluate the accuracy of thick smear (TS) versus quantitative polymerase chain reaction (PCR) for pregnancy-associated malaria (PAM). Materials and methods. We carried out a systematic review of diagnostic tests in nine databases. Methodological quality was evaluated with QUADAS. Sensitivity, specificity, positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR), diagnostic odds ratio (DOR) and area under the ROC curve were estimated. Heterogeneity was determined with the Der Simonian-Laird Q method and uncertainty with the weighted percentage of each study on the overall result. Results. We included 10 studies with 5691 pregnant women, 1415 placentas and 84 neonates. In the studies with nested PCR (nPCR) and quantitative PCR (qPCR) as the standard, the diagnostic accuracy results were statistically similar, with very low sensitivity (50 and 54%, respectively), high specificity (99% in both cases), high PLR and poor NLR. When nPCR was used, the DOR was 162 (95%CI=66-401) and the area under the ROC curve was 95%, while with qPCR it was 231 (95%CI=27-1951) and 78%, respectively. Conclusions. We demonstrated that research on the diagnostic accuracy of TS in PAM is limited. Microscopy showed poor performance in the diagnosis of asymptomatic or low parasitemia infections, which reinforces the importance of implementing other types of techniques for the follow-up and control of malaria infections in pregnant women, in order to achieve the control and possible elimination of PAM.
  • Burden of disease of COVID-19 in the department of Nariño, Colombia, 2020-2021 Artículo Original

    Hidalgo-Troya, Arsenio; Rodríguez, Jorge Martín; Rocha-Buelvas, Anderson; Urrego-Ricaurte, Diana

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivos. Estimar la carga de enfermedad por COVID-19 en el departamento de Nariño, Colombia, a partir del indicador años de vida saludables ajustados por discapacidad (AVISA) entre marzo del 2020 a agosto del 2021. Materiales y métodos. Con la información del sistema de vigilancia nacional SIVIGILA se hizo la descripción y caracterización de los casos de COVID-19 reportados entre marzo/2020 a agosto/2021, según grupos de edad, sexo, etnia, municipios de residencia y subregiones de Nariño. Se estimaron tasas crudas y de mortalidad acumulada por COVID-19 para las variables previamente descritas. Se calcularon años perdidos por muerte prematura (APMP) y años vividos por discapacidad (AVD). Se estimaron los AVISA totales mediante la suma de APMP + AVD. Estos se calcularon por sexo, etnia, grupo de edad y subregiones de Nariño. Se estimaron los riesgos relativos a partir de las razones de tasas (RT) e intervalos de confianza del 95% para las variables del estudio. Resultados. Las tasas de morbilidad, mortalidad y AVISA más altas ocurrieron entre febrero y septiembre del 2021, en hombres, en mayores de 70 años, del grupo étnico minoritario afrodescendiente y en las subregiones Centro, Obando y Juanambú. La carga de enfermedad por COVID-19 en Nariño en el periodo de estudio es atribuida a los APMP, los cuales explican más del 97% de la misma. Conclusiones. Este es uno de los primeros estudios de carga de enfermedad a nivel regional, realizados en Colombia, que emplea una metodología estandarizada para COVID-19. Esta medición generaría estimaciones que permitirían focalizar recursos de forma intersectorial, mitigar el daño a poblaciones y áreas geográficas determinadas, especialmente las más vulnerables.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objectives. To estimate the burden of disease of COVID-19 in the department of Nariño, Colombia, based on the disability-adjusted life years (DALYs) between March 2020 and August 2021. Materials and methods. The description and characterization of COVID-19 cases reported between March 2020 and August 2021 was made according to age groups, sex, ethnicity, municipalities of residence and subregions of Nariño by using information from the national surveillance system SIVIGILA. Crude and cumulative mortality rates for COVID-19 were estimated for the previously described variables. Years lost due to premature death (YLL) and years lived with disability (YLD) were calculated. Total DALYs were estimated by adding YLL + YLD. These were calculated by sex, ethnicity, age group and subregions of Nariño. Relative risks were estimated from rate ratios (RR) and 95% confidence intervals for the study variables. Results. The highest morbidity, mortality and DALY rates occurred between February and September 2021, in men, in those older than 70 years, in the Afro-descendant ethnic minority group and in the Central, Obando and Juanambú subregions. The burden of disease of COVID-19 in Nariño during the study period is attributed to the YLL, which explain more than 97% of it. Conclusions. This is one of the first studies on burden of disease at the regional level, carried out in Colombia, that employs a standardized methodology for COVID-19. This measurement would generate estimates that would allow targeting resources in an intersectoral manner, mitigating the damage to specific populations and geographic areas, especially the most vulnerable ones.
  • Direct amplification of Bordetella pertussis DNA purified from nasopharyngeal swabs by a low-cost, fast (60-second), and equipment-free method Artículo Original

    Juscamayta-López, Eduardo; Valdivia, Faviola; Soto, María Pía; Horna, Helen; Nureña, Brenda

    Abstract in Spanish:

    RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.

    Abstract in English:

    ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.
Instituto Nacional de Salud Lima - Lima - Peru
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